تتولى الأمانة العامة العمل على المهام الآتية:
1- الإشراف على إجراءات معالجة الدعاوى وتبادل مذكراتها وتجهيزها.
2- دراسة الدعاوى وتحليلها من النواحي النظامية والمحاسبية والفنية، وإعداد التقارير لعرضها على الدوائر.
3- تقديم الدعم النظامي والفني والإداري للدوائر، قبل عقد الجلسات وأثناءها وبعدها.
4- إبداء الرأي والمشاركة في الدراسات المتعلقة بالأنظمة واللوائح ذات الصلة.
5- إجراء البحوث والدراسات والاستشارات النظامية والفنية والمحاسبية.
6- استخراج المبادئ القضائية من قرارات دوائر الاستئناف.
7- تصنيف القرارات التي تصدرها الدوائر، وتبويبها، ونشرها.
8- متابعة مؤشرات قياس أداء الدوائر المعتمدة والمستهدفات الموضوعة.
9- إعداد إحصائية سنوية عن أعمال الدوائر وقراراتها ومدد التقاضي.
10- المشاركة مع الإدارات المعنية في الهيئة من أجل تطوير وتحسين الإجراءات والأنظمة ذات الصلة بأعمال الدوائر.